Μετά από χρόνια ταξιδιών, ο Παντελής Σαμπαλιώτης εγκαταστάθηκε τελικά για μεγάλο χρονικό διάστημα από το 1989 για πρώτη φορά στην καλλιτεχνική του ζωή σε ένα χώρο. Όχι όμως στη Νάξο, αλλά στο ελληνικό νησί καλλιτεχνών την Ύδρα, απέναντι από την Πελοπόννησο (1989–93).
Όταν ο Σαμπαλιώτης δεν ζωγράφισε αυτό που ένιωθε, διάβαζε. Ένιωσε ιδιαίτερα κοντά στους αρχαίους φιλοσόφους και την ελληνική μυθολογία. Αφιέρωσε μια ολόκληρη σειρά έργων σε έναν μύθο, μια γυναίκα: Βενθεσικύμη, κόρη του Ποσειδώνα και Αμφιτρίτη, βασίλισσα της Αιθιοπίας, μέχρι που έφυγε στα βάθη της θάλασσας για να κρύψει την υπέροχη ομορφιά της για πάντα από την επιδίωξη ενός ενοχλητικού θαυμαστή της. Για τελευταία φορά στο έργο της Σαμπαλιώτη, η σειρά Βενθεσικύμη δείχνει το ελληνικό προφίλ με οριστική σαφήνεια. Περιστρέφεται για άλλη μια φορά και ρητά για την ίδια τη γυναίκα, για την τέλεια ένωση του Animus και του Anima. Εάν το θηλυκό ως αντίληψη παραμένει στοιχειώδες στο έργο του, δεν πρέπει ποτέ να επιστρέψει τόσο καθαρά στη μεταφορική μετά.
Δίπλα στον μύθο της γυναίκας το Βενθεσικύμη σημαίνει επίσης βαρύ ή βαθύ κύμα και έτσι περιγράφει την κατάσταση που προηγείται μιας πλημμύρας, με την οποία ξεκίνησε κάποτε για τους Θεσσαλούς η ζωή, σύμφωνα με το μύθο. Για τον Παντελή Σαμπαλιώτη, αυτός ο μύθος αντιστοιχούσε όχι μόνο στην ομορφιά των γυναικών, αλλά και επίσης στην αρχή της επιστήμης και της φιλοσοφίας, η αρχή της εξέτασης και εξήγησης της φύσης. Και ενώ ασχολήθηκε με τον ίδιο τον μύθο, το καλλιτεχνικό του έργο αλλάζει επίσης στην Ύδρα: μια φυσική περαιτέρω εξέλιξη που τον οδηγεί σε φυσικά υλικά, μεγαλύτερες μορφές, σε αντικείμενα τέχνης και συναρμολογήσεις και στην ανανεωμένη εξέταση του μελισσοκηρού.
Με αυξανόμενο πάθος συλλέγει υλικά, ξύσματα σκουριάς και αλάτι από ναυάγια σκελετού των πλοίων, όπως στη Ζάκυνθο, συγκομίζει κομμάτια από ξύλο, κομμάτια κάκτου και τα μετατρέπει σε τέχνη. Σε μια αρμονία με τη φύση, στην οποία επιτρέπει να μας μιλήσει χωρίς να αλλάξει το αυτούσιο μήνυμα. Τα υπολείμματα φυτών και οι μεταλλικές σχάρες συγχωνεύονται σε αντικείμενα τέχνης, τα οποία με τη σειρά τους συνθέτουν την κίνηση, το φως και την ενέργεια ως βασικά στοιχεία της φύσης. Το Γαιοιστόρημα αποκαλεί αυτή τη σειρά έργων: Ιστορία της Γης. Λίγα χρόνια αργότερα θα το συνέχιζε για λίγο στην Αθήνα (1993-1997). Aλλά στη συνέχεια αφιερώθηκε όλο και περισσότερο σε 
καμβά μεγάλου μεγέθους, kάτι που ανακάλυψε ξανά στην Ύδρα μετά από πολλά χρόνια παστέλ λαδιών σε μικρότερες μορφές με έντονο το ενδιαφέρον για το λάδι και την ακρυλική βαφή.
Αυτό που είχε ξεκινήσει στο Λουντ της Σουηδίας στα μέσα της δεκαετίας του ’80 σε τρεις μακρείς χειμώνες ως η τριλογία «Αρχέγονη νύχτα», δηλαδή μια αναζήτηση για το φως που εξακολουθούσε να ορίζεται σε ασπρόμαυρο και σε γυναικεία σώματα, αναπτύχθηκε με συνέπεια και συνέχεια τώρα στο νέο χρώμα – συχνά ενός χρώματος πλέον – που συνεισφέρει στην αύξηση της αφαίρεσης. Αρχικά αφορούσε το φως, τις αντανακλάσεις, τη διάλυση. Περιστρέφεται και πάλι γύρω από όλο και μεγαλύτερα, αφηρημένα «σώματα», ξεδιπλωμένα ή ενωμένα σε μια πολυστρωματική οργανική μορφή: αρχέγονα κύτταρα, συστάδες, περιστασιακά συμπληρωμένα από στυλιζαρισμένα φτερά. Η μεγάλη έκθεση στην πινακοθήκη Καρδίτσας που άνοιξε πρόσφατα με τον τίτλο «Ορόσημα», Δεκέμβριος 1997, αντανακλά τούτο το ορόσημο στο έργο του. Μερικά από τα έργα του, όπως η σειρά Γαιοιστόρημα, μεταφέρθηκαν στη μόνιμη έκθεση εκεί και αποκτήθηκαν στη συνέχεια από την πόλη το 2000.
